המסגרות החינוכיות במצפה שלם פועלות במהלך השנה כולה, כולל בשעות אחה"צ ובחופש הגדול, ומעניקות מענה כולל החל מהגיל הרך ועד לסיום התיכון. בנוסף למערכת החינוכית הפעוטון, הגן ובתי הספר קיימות מסגרות חווייתיות, הכוללות חוגי העשרה, מחול וספורט, פעילויות חברתיות בליווי מדריך חינוכי ומגוון פעילויות חברתיות המעשירות וממלאות את זמנם של הילדים ומעניקות להם את המרחב, החופש והביטחון לו הם זקוקים
מהגיל הרך ועד גן חובה
פעוטון - מערכת חינוך מקצועית ועוטפת לגילאי 3 חודשים ועד 3.
גן – במצפה שלם קיים גן רב גילאי לגילאי 3-5 עם צוות מקצועי של גננת וסייעת מטעם משרד החינוך.
מגן חובה ועד בית הספר
חינוך חובה - את המשך הדרך החינוכית עושים ילדינו בגנים ובבתי הספר שביישובי האזור (קלי"ה ועין גדי) דבר המאפשר להם להרחיב את המעגל החברתי, ולהתחבר עם ילדים ובני נוער חדשים החולקים איתם את ערכי הטבע והסביבה הייחודית, בה כולנו חיים.
הצהרון- פתוח מידי יום מגיל טרום חובה ועד כיתה ב', מיד כשהילדים יורדים מן ההסעה מחכה להם מדריך חברתי אשר מלווה אותם למועדונית לארוחת צהרים ומשחק בצהרון שבתחומי הקיבוץ.
הסעות- כלל ילדי יישובי האזור נהנים מהסעות לכלל המסגרות החינוכיות, באופן מסודר ובליווי מבוגר אחראי.
החינוך הבלתי פורמאלי, פעילות פנאי וקייטנות
אחר הצהריים - מערכת חינוך בלתי פורמאלית לילדים ונוער הפועלת בתחומי הקיבוץ אחר הצהריים, מגבשת ומעצימה את המרקם החברתי בקיבוץ.
חוגים במהלך השנה-: פעילויות מועצה - חוגי העשרה, ספורט ופעילויות פנאי אזוריות לכל הגילאים הרלוונטיים ובליווי הסעות מסודרות.
חופשות החג - פעילויות לילדים בחופשת הסוכות והפסח במסגרת הצהרון, ופעילויות נוער אזוריות בפסח, לרבות סרטים, הצגות, מפגשים וטיולים.
החופש הגדול- במהלך חודש יולי, קייטנה אזורית לילדי גן חובה ועד כיתה ג' בחודש אוגוסט מתקיימת קייטנה מקומית בקיבוץ ופעילויות קיץ הכוללות טיולים מאורגנים ומפגשים חברתיים.